16. februar 1899 møttes noen noen studenter og universitetslærere på Studenterhjemmet i Underhaugsveien i Kristiania. I løpet av kvelden ble Norske Studenters Kristelige Forbund (NSKF) stiftet som en sammenslåing av fem kristne studentforeninger.
Forbundet ble stiftet mens Den norske kirke var mer splittet enn kanskje noen gang før eller senere. Tiden var preget av veldige motsetninger mellom den såkalte «konservative teologi» og den såkalte «liberale teologi». De konservative var i klart flertall både blant prester og lekfolk, men den liberale teologien hadde en sterk bastion ved Det teologiske fakultet (TF) ved Universitetet i Oslo. Den hadde også godt fotfeste i Forbundet.
Kirkestriden var omfattende og uforsonlig. I 1908 åpnet de konservative Menighetsfakultetet, i protest mot den liberale teologien som ble undervist ved TF. I 1920 samlet nesten 1000 representanter fra kristne organisasjoner seg på et berømt møte i Calmeyersgate i Oslo. Her ble det som ble hetende "Calmeyergate-linjen" vedtatt: Den liberale teologi skulle boikottes fullstendig. Ikke bare skulle man ikke samarbeide med liberale teologer – det skulle heller ikke samarbeides med noen som samarbeidet med liberale teologer.
Den viktigste lederskikkelsen for de konservative var Ole Hallesby, som var professor ved Menighetsfakultetet. På liberalt hold var Kristian Schjelderup den markante lederskikkelsen. Han var formann i Forbundet. I 1923 kom det til et høydramatisk og berømt ledervalg i Forbundet – mellom nettopp disse to frontfigurene. Et valg som har preget Forbundet helt fram til i dag.
Stipendiaten Schjelderup tok gjenvalg som formann i Forbundet. Professoren Hallesby stilte som motkandidat, og formannsvalget var i realiteten et slag i den store kirkestriden. Schjelderup og vant, og Hallesby og alle hans støttespillere forlot Forbundet i protest. Året etter stiftet utbryterne Norges Kristelige Studentlag, som senere ble til det som i dag heter Norges Kristelige Student- og Skoleungdomslag ("Laget").
Formannsvalget – og de påfølgende utmeldelsene – er et viktig dreiningspunkt i Forbundets historie. Vi var ikke lenger den brede kristelige studentbevegelsen, men det lille, radikale, nytenkende og opposisjonelle alternativet. Dette var ikke nødvendigvis et bevisst valg Forbundet gjorde der og da. Formannsvalget handlet nemlig ikke så mye om man var enig i det teologiske fundamentet til de to kandidatene, som hvorvidt det skulle være plass for ulike teologiske syn. Schjelderup mente det skulle være rom for ulike syn, mens Hallesby mente den konservative linje ("den sanne kristendom") måtte følges. Da Schjeldrup ble gjenvalgt, marsjerte altså Hallesby og hans meningsfeller ut av Forbundet. Og som følge av linjen vedtatt på Calmeyergate-møtet, ble vi fullstendig isolert av de andre kristelige organisasjonene. Gjennom resten av 1920-tallet lå Forbundet med brukket rygg,
Både Schjelderup og Hallesby ble resten av sine liv svært markante ledere på hver sin fløy i norsk kirkeliv. Selv om temaene har forandret seg, har den teologiske splittelsen fra denne tiden fortsatt å prege norsk teologi og kirkeliv helt fram til våre dager. Formannsvalget i 1923 har dermed vært svært avgjørende for Forbundets plassering i kirkelandskapet gjennom hele den videre historien. De neste ti årene ble tøffe for det lille og isolerte Forbundet, og bortsett fra en periode på 60- og 70-tallet, skulle vi aldri mer komme i nærheten av den første tidens medlemstall. Men vi hadde fått en ny rolle og funksjon: Som outsideren som sørget for at det alltid fantes rom for å tenke nye og kontroversielle tanker i det kristelige Norge.
Høsten 1940 ble cand. theol. Alvilde Færden den første kvinnelige formann i Forbundet, men okkupasjonen gjorde det vanskelig å drive forbundsarbeid på 40-tallet. Portforbud, taleforbud, reiseforbud, matrasjonering og mangel på brensel skapte praktiske vansker. Etter hvert, i 1943, ble også Universitetet i Oslo stengt.
Internt var Forbundet et tydelig "jøssing"-miljø, med klar front mot nazismen og okkupasjonen. Mange forbundere ble også engasjert i illegalt motstandsarbeid, blant annet med å koordinere motstandsarbeidet blant studenter og ansatte ved Universitetet i Oslo.
I 1942 kom biskopene i Den norske kirke med erklæringen "Kirkens grunn" der de la ned sine statlige embeter i protest mot NS-styret. 1.påskedag 1942 ble en likelydende erklæring lest opp fra nesten alle landets prekestoler, der prestene erklærte at de betraktet seg som løst fra sine forpliktelser overfor NS-staten. Kirken ble med dette en viktig front i motstandsarbeidet. Forbundet var begeistret, og daværende sentralstyre skrev brev til Kirkedepartementet der de uttalte «sin fulle tilslutning til den oppleste ’Kirkens Grunn’ og stiller seg solidarisk med prestene.»
Samtidig som studentforbundet slet, var aktiviteten høy i gymnasiastforbundene under krigen. I Oslo møttes 80-100 gymnasiaster jevnlig til møter. I tillegg ble det opprettet nye tilskudd til bevegelsen: Juniorforbundet som organiserte middelskoleelever, og Seniorforbundet som bestod av det som i dag kalles "forbundsvenner".
I 1961 ble Norges første kvinnelige prest, Ingrid Bjerkås, ordinert. Det var biskopen i Hamar – tidligere formann i Forbundet, Kristian Schjelderup – som ordinerte henne. Forbundet var positive til kvinneprester, men tilhørte nok en gang et mindretall i det organiserte kristen-Norge.
I 1962 ble Arnulf Øverland invitert til Universitetsgata 20 for å holde foredraget "Er kristendommen fremdeles den tiende landeplage?" Møtet vakte stor oppsikt, og det var stappfullt i storsalen i Universitetsgata 20. Tiden etterpå ble dramatisk, med mange utmeldinger, men også nesten 100 nye innmeldinger, mistillitsforslag og rasende debatt.
Mot slutten av sekstitallet stod studentene i Forbundet midt oppe i den internasjonale radikale bølgen, og de måtte ta stilling til atomvåpen, livssynsdebatter, kulturkamp og til de marxistiske strømninger i tiden. Forbundet ble nå ytterligere politisert. Dessuten var kollektivlivet blitt en livsstil som dannet grunnlag for arbeidsfellesskap der studenter kunne drøfte politiske og kristne spørsmål i både Oslo, Bergen og Trondheim. Det internasjonale politiske og økumeniske engasjementet var sterkt.
Forbundsgården Haugtun har fungert som et tidlig "flyktningemottak", og bosatte flere chilenske flyktninger som hadde rømt fra militærdiktaturet etter kuppet mot den demokratisk valgte presidenten Salvador Allende i 1970.
